卵巢囊肿对于身体的危害以及对该种疾病的治疗，都取决于它的性质。对于30岁以后的女性来说，即使没有任何不适，每年也应进行一次包括妇科检查在内的体检。如果发现卵巢囊肿，应进一步检查，明确是功能性囊肿，还是肿瘤性囊肿，以采取不同的治疗方法。
痛经是巧克力囊肿的主要症状，为继发性且逐年加重，但也有少数病人无明显的痛经。
巧克力囊肿是一种可在宫腔镜的窥视下看到子宫内膜样组织。由于这种囊肿内潴留的陈旧血淤如巧克力糊状的颜色，故称它为“巧克力囊肿”。巧克力囊肿的另外一个症状是性交痛，月经前更为明显。
一般来说，若囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤，多为功能性囊肿，可以2～3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若4～6周后缩小或未增大，则功能性囊肿的可能性较大。如果囊肿继续增大，特别是大于5厘米的，或者突然下腹部阵发性绞痛，就可能是肿瘤性囊肿或发生了囊肿扭转或破裂，应该做进一步的检查以确定是良性还是恶性，必要时应进行手术切除，千万不能掉以轻心。
如果巧克力囊肿没有超过5厘米，可以采用中西医结合的方法调治。